طی سال‌های گذشته جمهوری اسلامی همواره یهودیان ایرانی را در مظان اتهام دشمنی با نظام اسلامی قرار داده است.
نگاه دستگاه‌های امنیتی جمهوری اسلامی به یهودیان ایران، شباهت به شرایط عصر صفوی و قاجار دارد و شاید دلیل اصلی آن تفکر ضد یهودی بخشی از علمای تشیع است.
تهدید و ارعاب جامعه یهودیان ایران را می‌توان باتوجه‌به سخنان رهبر جمهوری اسلامی نیز تأیید کرد. علی خامنه‌ای دست‌کم یک بار مدعی شده مواضع ضد یهودی او در دوران پهلوی عامل بازداشتش بوده است.
جمهوری اسلامی همواره با توهم توطئه فعالیت شهروندان یهودی ایران را زیر نظر داشته است. به همین دلیل در مقاطع مختلف به بهانه‌هایی بازداشت و محدودکردن فعالیت شهروندان یهودی را در دستور کار قرار داده است.
در این میان اصرار به فعالیت شبکه‌ای یهودیان ایران علیه حکومت، ترفندی برای پذیرفتن اقدامات امنیتی بر علیه آنها بوده است.
جاسوسی، ارتباط با اسرائیل، اجماع و تبانی علیه نظام اتهام‌های معمول حکومت به یهودیان طی چهار دهه گذشته بوده است.
همچنین این سرکوب به ترفندی در مناقشه با اسرائیل بدل شده است. هر بار تنش میان جمهوری اسلامی و اسرائیل اوج می‌گیرد دستگاه سرکوب در ایران نوک پیکان خود را در داخل به سمت جامعه یهودیان می‌گیرد.
حمله به زیارتگاه «استر و مردخای» در همدان که از مکان‌های مهم مذهبی یهودیان جهان است، اقدامی بوده که در مقاطع مختلف انجام شده و نیروهای تندروی مذهبی نزدیک به رهبر جمهوری اسلامی تخریب کامل آن را ابزار تهدیدی جامعه یهودیان می‌دانند.
بازداشت ۱۳ شهروند یهودی در شیراز در زمستان سال ۱۳۷۷ یکی از پرونده‌هایی است که در آن ردپای یهودی‌ستیزی را می‌توان دید. پرونده‌ای که با اتهام جاسوسی به بازداشت شهروندان یهودی و احضار یهودیان دیگر شهرها منجر شد نیز و‌ تا بازداشت نوجوان ۱۶ ساله یهودی نیز پیش رفت.