Questa colonna sonora del film "il Buono, il Brutto, il Cattivo" fu composta da Ennio Morricone, frequente collaboratore di Leone (con il quale fu anche compagno di classe in terza elementare, le cui caratteristiche composizioni, contenenti spari, fischi (di Alessandro Alessandroni) e jodel, contribuiscono a ricreare l'atmosfera che caratterizza il film. Il motivo principale, assomigliante all'ululato del coyote, è una melodia composta da due note, divenuta molto famosa. Essa viene utilizzata per i tre personaggi principali del film, con un differente strumento usato per ognuno: flauto soprano per il Biondo, l'arghilofono del maestro Italo Cammarota per Sentenza e la voce umana per Tuco. Questo motivo si ripropone durante tutto il film, senza però mai annoiare né risultare scontato: Leone e Morricone la ripropongono solo nei momenti appropriati, rendendo memorabili le scene.
Il tema, ricorda Morricone, era stato realizzato in modo molto bizzarro:
« Quando dirigo il pezzo in concerto, gli ululati di coyote che danno il ritmo ai titoli del film sono realizzati di solito col clarinetto. Ma nella versione originale adottai soluzioni molto più inventive. Due voci maschili cantavano sovrapponendosi l'una con l'altra, una gridando A e l'altra E. Gli AAAH ed EEEH dovevano essere eloquenti, per imitare l'ululato dell'animale ed evocare la ferocia del selvaggio West.»

Sergio Leone ricordò che una parte delle musiche di Ennio Morricone fu scritta prima dell'inizio delle riprese: per problemi di budget questo non era stato possibile nei film precedenti. Secondo il regista questo era un grande passo avanti:
« Ne Il buono, il brutto, il cattivo, ogni personaggio aveva un suo tema musicale. Era anche una sorta di strumento musicale che interpretava la mia scrittura. In questo senso, giocavo molto con armonie e contrappunti... Mettevo in scena la carta stradale di tre esseri che costituivano un amalgama di tutti i difetti umani... Avevo bisogno di diversi crescendo e momenti spettacolari capaci di conquistare l'attenzione e che tuttavia si accordassero con lo spirito generale della storia. Per cui la musica assunse un'importanza centrale. Doveva essere complessa, con umorismo e lirismo, tragedia e barocco. La musica diventava anche un elemento della storia. Era il caso della sequenza del campo di concentramento. Un'orchestra di prigionieri deve suonare per soffocare le urla dei torturati. In altre parti del film, la musica accompagnava improvvisi cambiamenti di ritmo, come quando la carrozza fantasma appare dal nulla in mezzo al deserto. Volevo anche la musica diventasse a tratti un po' barocca. Non volevo che si limitasse alla ripetizione del temi di ogni personaggio - una sottolineatura. In ogni caso, feci suonare parte della musica sul set. Creava l'atmosfera della scena. Le interpretazioni ne erano decisamente influenzate. A Clint Eastwood questo metodo piaceva molto.»

La colonna sonora si combina perfettamente con lo scenario della guerra di secessione americana, con la triste ballata La storia di un soldato, suonata dai prigionieri sudisti quando Tuco viene torturato da Sentenza.
Il famoso climax del film, durante la scena del cimitero, viene introdotto dalla memorabile Estasi dell'oro e il mexican standoff finale viene accompagnato magistralmente da Il Triello: una musica che arriva dritto al cuore, e fa parlare con gli sguardi i protagonisti, nonostante ben 7 minuti senza alcun dialogo. Inoltre l'Estasi dell'oro veniva utilizzata dai Ramones e viene tuttora utilizzata dai Metallica come musica introduttiva in ogni concerto live.

Il motivo principale fu un successo nel 1968, assieme alla canzone dei The Rolling Stones Jumpin' Jack Flash. L'album contenente la colonna sonora rimase in classifica per più di un anno, raggiungendo il n°4 nella classifica di Billboard. Il motivo principale fu inoltre un grande successo per Hugo Montenegro, infatti una sua interpretazione del brano raggiunse la seconda posizione nella classifica di Billboard dello stesso anno. Il brano è stato inoltre utilizzato dalla FIAT per un suo spot pubblicitario televisivo. In aggiunta a ciò, la Ukulele Orchestra of Great Britain ha eseguito una interpretazione del pezzo in un concerto, registrato nel DVD Anarchy in the Ukulele del 2005.

Come il film stesso, anche la colonna sonora è entrata di diritto nella leggenda: fa parte delle 101 colonne sonore selezionate da John Caps[33] ed è una delle 5 colonne sonore scelte da Richard Schickel per il TIME.

L'album contenente la colonna sonora è stato rimasterizzato e pubblicato dalla Capitol Records nel 2004, con l'aggiunta di dieci pezzi musicali del film. La GDM Music inoltre ha pubblicato una versione europea nel 2001 contenente altro materiale, fino ad una lunghezza di 59:30 minuti.

Tracce Set del film.

Tutte le musiche sono composte da Ennio Morricone.
Versione del 1966

Il buono, il brutto, il cattivo - 2:38
Il tramonto - 1:12
Il forte - 2:20
Il deserto - 5:11
La carrozza dei fantasmi - 2:06
Marcetta - 2:49
La storia di un soldato - 3:50
Marcetta senza speranza - 1:40
Morte di un soldato - 3:05
L'estasi dell'oro - 3:22
Il triello - 7:14