Di origine basche, José de Anchieta nacque in San Cristobal de la Laguna, Tenerife, il 19 marzo 1534. Per motivi ignoti, nel 1548 andò a Coimbra, Portogallo, per proseguirvi gli studi scolastici. La sua vivace intelligenza gli avrebbe potuto prospettare una brillante carriera universitaria, ma sentì precocemente la vocazione religiosa.